Auf die Sachbilanz folgt in der Ökobilanz die Aufstellung der Wirkungsbilanz. Sie weist allen Stoff- und Energieumwandlungsprozessen der Sachbilanz einzelne Emissionen zu. Zur besseren Auswertung werden die verschiedenen Emissionsarten zu Gruppen ökologischer Wirkungskategorien (z.B. Beitrag zum Treibhauseffekt) zusammengefasst. Darüber werden so genannte Äquivalente ermittelt, die im Verhältnis zu einem Leitschadstoff die Wirkung aller beteiligten Schadstoffe ausweisen. Es stehen dabei über dreißig verschiedene Leitschadstoffe als Bezugspunkte zur Verfügung. Sind aus der Sachbilanz keine prozessspezifischen Daten verfügbar, so kann der Bilanzierende auf vergleichbare Prozesse aus Datenbanken zurückgreifen. Solche Austauschprozesse sind im Sinne der Nachvollziehbarkeit der Ökobilanz auszuweisen.